Inhibe la síntesis del ADN produciendo enlaces cruzados dentro y entre las cadenas de ADN. La síntesis de proteínas y ARN es inhibida en menor grado, también ofrece propiedades inmunosupresoras, radiosensibilizantes y antibacterianas.
El metotrexato puede tratar la artritis reumatoide al disminuir la actividad del sistema inmunitario, tambien se usa para tratar el cáncer retardando el crecimiento de células cancerosas. Asi la psoriasis retardando el crecimiento de células cutáneas para interrumpir la descamación.